Generátor sítě pracuje s binárními soubory, které obsahují souřadnice uzlů MGENi.NOD a seznam prvků MGENi.ELE (i je 0 až 39).
Pro vlastní úlohu používá program binární soubor úloha.TSK . Tento soubor obsahuje zápis sítě, geometrické charakteristiky, okrajové podmínky a atributy úlohy. Je možno načíst sobory typu TSK vytvořené staršími verzemi, nikoliv však naopak.
Pro výpočet vytváří program soubory pro vlastní řešič - úloha.I1 , úloha.IB , úloha.I2 , úloha.I3 , úloha.I4 , úloha.I5 ... . Dále program vytvoří i soubor úloha.BAT pro spuštění výpočtu. Uživatel se namusí těmito soubory dále zabývat. Po výpočtu uživatel může načíst výsledky ze souboru úloha.STB . Vykreslení výsledků na síti je možno uložit do souborů typu .BMP.
Samotnou síť bez výsledků je možno exportovat do vektorového .EPS souboru.
Pro uživatelská nastavení slouží soubor gfem2.def. Tento soubor je textový a obsahuje popisy jednotlivých nastavení. Je možno ho zkopírovat do adresáře windows a používat ho jako vychozí (pokud neexistuje, používá se nastavení z programu). Při ukončení Gfemu se vytváří gfem2.def v aktuálním adresáři.